「応募のために無理をして欲しくない」、「ホームページは日常的に運営されるものでその普段の様子を選考対象としたい」、という思いから、応募を前提とせず、インターネット上に公開されている小学校ホームページを可能なかぎり探し出し、選考を行う方式のコンテストとしています。（2009年度の選考対象校数は18,951校。）

都道府県等代表校選考（一次評定）は社会人ボランティア等、約1,000名の協力により実施されています。

各都道府県などから代表校を選出し、その中から全国大会において「ベスト8」8校、「デジタルイメージ賞」1校、「グローイングアップ賞」1校の計10校を選出します。最終選考において、10校の中から、J-KIDS大賞、文部科学大臣賞、総務大臣賞、経済産業大臣賞を選出します。

都道府県等代表校選考にあたっては、約50項目の選考基準を設け、選考終了後にそれを公開しています。選考基準をオープンにすることにより、J-KIDS大賞実行委員会が考える「望まれる小学校ホームページの姿」を世に問うという狙いがあります。